We Belong Together bercerita tentang Mia yang kehilangan orang tuanya disaat yang bersamaan karena sebuah kecelakaan, setelah kejadian itu Mia tinggal bersama Om dan Tantenya. Mia tenggelam dalam kesedihan karena ditinggal oleh kedua orang tuanya itu, sampai-sampai ia berpikir bahwa semua orang melihatnya sebagai sosok aneh padahal itu hanya persaan kehilangan yang dialami Mia.
Suatu malam Mia melihat seorang anak laki-laki yang langsung menarik perhatiaanya dan membuat dirinya penasaran. Sejak saat itu ia berusaha untuk mengenal lelaki itu yang ternyata mampu menarik Mia keluar dari kesedihannya. Tapi ternyata tidak semuadah yang Mia pikir.
Al, tetangganya itu tidak suka kehadiran Mia yang sering main kerumahnya untuk menghabisakan waktu bersama dengan ibunya. Kebencian Al terlihat jelas tapi Mia tidak menyerah begitu saja sampai suatu hari Al benar-benar marah dan memita Mia menjauh atau ia akan menyakitinya secara fisik.
Namun perlahan waktu membuat semuanya jauh lebih baik bagi Al maupun Mia