Rara pulang ke Desa Wisnu Bakti dengan satu janji sederhana: menjadi guru yang teduh, seperti pesan terakhir neneknya. Ia membawa sepeda jengki tua, sedikit tabungan, dan keyakinan bahwa ilmu harus berpihak kepada anak-anak yang paling sering dilupakan.

Di SDN 1 Wisnu Bakti, Rara bertemu Fajar, murid kelas lima yang sering terlambat, pendiam, dan nyaris selalu dianggap bermasalah. Bagi guru-guru lain, Fajar hanyalah anak sulit. Bagi teman-temannya, ia anak miskin yang mudah diremehkan. Namun bagi Rara, ada sesuatu yang belum pernah benar-benar ditanyakan dari anak itu: mengapa ia selalu datang dengan tubuh lelah, tangan kotor, dan mata yang seperti menyimpan hidup terlalu berat?

Semakin Rara mendekat, semakin terbuka dunia Fajar yang sunyi: ayah yang sakit, adik kecil yang lapar, rumah yang hampir roboh, dan pekerjaan memulung yang membuat sekolah terasa seperti kemewahan. Namun dari keluarga kecil itu, Rara justru menemukan tanda-tanda yang lebih mengerikan: tanah sekolah yang mati, bau asing dari belakang lapangan, anak-anak yang mulai jatuh sakit, dan rahasia yang dijaga rapat oleh orang-orang berkuasa.

Di sisi lain, hadir Putri Hermawan, siswi pindahan dari keluarga terpandang yang sejak kecil dibentuk untuk selalu menang. Saat seleksi Cerdas Cermat digelar, Fajar dan Putri berdiri di panggung yang sama, tetapi membawa dunia yang sangat berbeda. Bagi Putri, kemenangan adalah harga diri keluarga. Bagi Fajar, keberanian menjawab satu soal saja adalah cara membuktikan bahwa anak miskin tidak dilahirkan hanya untuk kalah.

Ketika kebenaran mulai muncul, Rara harus menghadapi fitnah, tekanan, dan ancaman yang datang dari orang-orang yang lebih kuat darinya. Sementara Fajar belajar berdiri, Rara pun menyadari bahwa menjadi guru bukan hanya soal mengajar di depan kelas, tetapi juga berani tetap tinggal ketika seorang murid membutuhkan seseorang untuk percaya kepadanya.

Sepeda Jengki Bu Rara adalah kisah tentang guru dan murid, keluarga yang retak, harga diri yang dipertaruhkan, dan keberanian orang-orang kecil untuk melawan sunyi yang terlalu lama dipaksakan.