Ketika seluruh santri tergabung dalam sebuah wadah Jidah Santri yang dipelopori oleh Harun, salah seorang santri Hadratussyeikh KH. Hasyim Asya"ari dalam melawan Penjajah Jepang, namun Mughni, memilih untuk melawan dengan jalan lain. Para santri yang kurang suka terhadap jalan diplomasi yang dipilih oleh Kiai Hasyim dengan Jepang, memilih keluar dan membentuk suatu barisan perang yang semua anggotanya adalah santri. Ketika Jepang berhasil menembak Harun dan menangkap satu demi satu bekas anggotanya, Mugni hijrah kembali ke Pamekasan sampai pada akhirnya Jepang berhasil ditaklukkan oleh tentara sekutu.
Tiga tahun setelah Indonesia merdeka, tentara Belanda yang diboncengi oleh KNIL kembali ingin menguasai bumi pertiwi. Dengan licik Belanda dapat memecah-belah Indonesia dengan menjadikannya sebagai negara federal. Namanya adalah Indonesia Serikat. Saat itu perang kembali berkecamuk. Namun Mughni yang difitnah oleh seorang temannya, Fadhol yang masih menyimpan dendam karena gadis yang ia cinta, Nafi"ah, menikah dengan Mughni. Dengan tipu muslihat, Fadhol mengatakan kepada Belanda bahwa Mughni selalu mengobarkan jihad kepada rakyat agar melawan penjajah. Akhirnya Mughni menjadi buronan Belanda. Sejak mengetahui akan hal itu, Mughni dan istrinya kabur ke Probolinggo. Mereka hidup di sebuah desa yang bernama Tanjung yang kelak akan dibangun sebuah pesantren yang sampai sekarang namanya tetap harum dan menjadi saksi sejarah perjuangan Kiai Haji Zaini Mun"im.