Kisah romantis yang menarik, namun sebagai tragedi dan misteri yang tidak pernah diceritakan sebelumnya dari kejadian sejarah kelam 1998 di Indonesia.

Linda Liem, adalah seorang gadis Tionghoa, dan juga Kemas Soleh, dimana seorang pemuda dengan darah Palembang Indonesia, yang mana bertemu tanpa sengaja di tengah kekacauan dan ketegangan etnis. Mereka berdua saling membantu dan saling melindungi satu sama lain di tengah tragedi kota, dan akhirnya jatuh cinta.

Namun, ketika kemudian cerita menjadi betul-betul tragis ketika Kemas meninggal ,karena akibat tertembak penembak gelap sesaat sedang menciptakan melodi lagu persembahan untuk Linda yang terpisah kemudian, dimana disaat dirinya berusaha menyelematkan seorang anak kecil dari sebuah tank yang melaju tanpa sadar.
Melodi itu, bagaimanapun tidak pernah sampai ke Linda dan melayang di langit kota Jakarta hingga masa depan. Linda sendiri juga kemudian wafat berselang waktu tak lama kemudian karena telah diracuni saat hendak bersaksi ke dunia internasional tentang kejadian kerusuhan.

Di sisi lain, ada Uwi seorang mahasiswa dari masa kini, yang secara tak terduga terhubung dengan sosok sepasang spirit Kemas dan Linda yang sedang terjebak di dunia arwah, melalui melodi yang dimainkan pada gitarnya , dimana mirip sebuah alunan melodi yang belum sempat selesai seperempat abad yang lalu oleh Kemas semasa akhir hidupnya.
Jadi siapakah Uwi? Yaitu hanya seorang pemuda kampung rel kereta saat sekarang, yang secara kebetulan menjadi seorang penulis kisah Melodi 98 oleh karena semangatnya yang telah terhubung oleh para saksi nyata, si anak muda yang masih mahasiswa, dan suka mengarang lagu , juga asli berasal dari kota Jakarta .
Uwi mengkisahkan sebuah melodi langit dan menulis buku kesaksian para korban demi membuka kesadaran semua pihak, dimana ada keadilan belum sepenuhnya ditegakkan.

Melodi Uwi menjdi awal kisah yang menyatukan dan mengapa mereka Linda dan Kemas masih berada di sekitar kota Jakarta dalam bentuk spirit kenangan buruknya.

Cerita berlanjut dengan Uwi yang mulai giat menulis buku tentang sejarah kelam 1998 dengan inspirasi dari Kemas dan Linda sebagai "mesin waktu" berbagi cerita pengalamannya. Meskipun awalnya Uwi tidak menyadari bahwa mereka adalah roh terpisah yang menghubunginya, namun dapat membantu menyampaikan pesan dan kenangan mereka melalui tulisannya Uwi.Sejarah kelam yang kembali terbuka demi kebaikan bangsa Indonesia dan generasi muda.

Melody 98 sebagai sebuah melodi langit dan sebuah buku dari Uwi.