Alif—seorang penulis yang tengah naik daun—mendapatkan sebuah pesan misterius. Pesan itu dikirim Lisa, seseorang yang pernah mengisi masa lalunya. Lisa menghilang secara tiba-tiba 14 tahun yang lalu, meninggalkan begitu banyak rahasia dan pertanyaan yang tak terjawab. Lewat pesan itu, Lisa berupaya menjelaskan alasan ia dulu menghilang secara tiba-tiba, sekaligus meminta tolong kepada Alif. Permintaan ini berkaitan dengan kerusuhan yang terjadi tahun 1998.

Dalam pesan itu Lisa menjelaskan sekarang dirinya adalah perwira Angkatan Laut yang tergabung dalam organisasi tanpa bentuk—sebuah organisasi yang bertujuan membongkar kejahatan kemanusiaan tahun 1998. Bersama pesan itu terlampir juga dokumen berisi bukti-bukti kejahatan kemanusiaan dan siapa saja yang terlibat di balik kerusuhan 98. Namun, untuk membuka pesan itu Alif perlu menjawab pertanyaan demi pertanyaan yang dibuat oleh si pengirim. Semua itu dilakukan demi menjamin informasi itu benar-benar jatuh ke tangan orang yang tepat. Orang-orang ini khawatir bahwa apa yang mereka kerjakan telah diketahui para pelaku, dan mereka tahu betul bahwa para pelaku masih punya kekuatan untuk membungkam mereka. Karena itu mereka perlu berhati-hati dalam menyebarkan informasi ini. Kekhawatiran itu sangat berasalan karena tidak lama setelah pesan itu terkirim, kapal selam yang ditumpangi Lisa tenggelam. Apakah itu benar-benar kecelakaan? Atau sebuah upaya penghapusan barang bukti?