Mei 1998, Mirna kedatangan tamu dari masa lalu. Tiba dari kacaunya huru-hara ibu kota, laki-laki itu seolah muncul dari dalam peti memori yang sudah Mirna kunci rapat-rapat. Riyadi, nama laki-laki itu. Kedatangannya memutar kembali cerita-cerita dari waktu lampau: Sore masa kecil Mirna yang dipenuhi kupu-kupu, hasrat cinta remaja yang Mirna dan Riyadi pendam, hasrat yang membuat Mirna sanggup mendobrak stereotip dan tabu dalam kultur patriarki di desanya. Kisah mereka berlanjut di Jakarta tetapi jauh dari harapan keduanya. Hingga kerelaan pun harus mereka paksakan demi kebaikan. Namun, walaupun sudah melepaskan, Mirna tidak menyangka kedatangan Riyadi malam itu menjadi momen perpisahan yang sebenarnya. Riyadi menghilang. Kali ini tanpa jejak.

Mbok Sum, ibu Riyadi, menjadi saksi perubahan yang dialami anaknya. Tumbuh jadi remaja yang penuh tekad, hingga mampu melanjutkan kuliah di Jakarta. Hidup ibu kota yang dekat dengan gonjang-ganjing politik mengubahnya menjadi sosok yang berbeda. Tekadnya berubah. Kuliahnya tidak kunjung selesai. Setelah Jakarta pecah dalam kerusuhan, anaknya menjadi pesakitan. Mbok Sum pun merasakan kehilangan yang terasa pelik baginya.

Gunawan, pemilik Ling We Tobacco House, nasibnya tak jauh berbeda. Mahasiswa yang sudah dia anggap seperti anak sendiri ternyata beralih menjadi sumber malapetaka baginya. Belum sempat dia minta pertanggungjawaban, anak itu lenyap, pergi membawa cerita.

Pada akhirnya mereka akan mengerti bahwa hilang dan kehilangan adalah dua hal yang sangat berbeda. Keduanya dapat saling berkelindan, tapi juga bisa berlainan lajur arah yang jauh, jauh sekali.

Namun, berbeda dari Mirna, Mbok Sum dan Gunawan, Jalak 4 (begitu kode operasi yang diberikan oleh komandannya) harus memastikan buruannya tidak boleh hilang.